L'idea di realizzare un Acquario nella frazione marina di Cala Gonone nasce circa 17 anni fa. La progettazione venne curata dall'Arch. Peter Chermayeff, professionista di fama mondiale (già progettista dell'Oceanario di Lisbona-Acquario di Osaka- l'Acquario di Genova) che intendeva sottolineare nella realizzazione della struttura il contesto storico-culturale fortemente segnato dal legame tra mare montagna.
In questa prima fase era previsto un percorso di cinque vasche percorribile in venti minuti. La destinazione d'uso era esclusivamente quella di centro didattico.
Con la seconda progettazione, opera dell'Arch. Sebastiano Gaias (autore di altrettanti pregevoli interventi come il Centro servizi di Tharros- il Museo d'arte di Ghilarza- il Museo Nivola di Orani), la struttura venne ampliata e la vasche passarono da cinque alle attuali ventiquattro. Questo intervento ha reso possibile, senza mai trascurare l'intento della prima progettazione, la realizzazione di un acquario pubblico il cui obiettivo principale fosse quello di valorizzare gli habitat del Mar Mediterraneo ed in particolare quelli della Sardegna. Il progetto del percorso espositivo delle vasche è stato pensato come un immaginario viaggio dalla riva per poi arrivare alle acque più profonde, mentre una breve porzione si spinge fino ai mari tropicali, il tutto cercando di stupire non con dimensioni ed imponenza, ma con cura del dettaglio e una comunicazione educativa.